سیر مطالعاتی کتب شهید مطهری به دو روش موضوعی و یا بر اساس ترتیب مطالعه کتاب ها و توسط اساتید مختلف تدوین شده است، در این نوشته سیر موضوعی تدوین شده توسط استاد نیلی پور ارائه شده است.
اصل کتب شهید مطهری را در سایت ایشان نیز می توانید ببینید.
مرحله 1: تقوا و ایمان
1* کتاب ده گفتار بحث تقوا
2* کتاب سیری در نهج البلاغه، بحث تقوا در نهج البلاغه.
3* کتاب بیست گفتار، فوائد و آثار ایمان گفتار دهم.
4* کتاب جهان بینی، جلد اول، بحث علم و ایمان و آثار و فوائد ایمان.
5* کتاب تکامل اجتماعی انسان، بحث ایمان و کمال انسان.
6* کتاب آشنایی با قرآن جلد سوم جلسه اول و دوم.

مرحله 2: نبوت و پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله وسلم)
1* کتاب وحی و نبوت مقاله پیغمبر اکرم (صلی الله علیه و آله وسلم)
2* کتاب سیره نبوی.
3* کتاب سنن النبی از علامه طباطبائی یا جلد 12 المیزان، ترجمه فارسی، بحث ادب الانبیاء.
4*کتاب وحی و نبوت از ابتدای کتاب تا اول بحث مشخصات اسلام.
5* کتاب اسلام و مقتضیات زمان جلسه یازدهم شئون پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله وسلم)
6* تفسیر سوره والضحی و انشراح. (نور)
7*کتاب آشنایی با قرآن، جلد اول، بحث معجزه.
8* کتاب اسلام و مقتضیات زمان جلسه 24، بحث خاتمیت.
9* کتاب خاتمیت.
10* آشنایی با قرآن جلد اول، اصالت های سه گانه قرآن.
11* آشنایی با قرآن جلد سوم تمام کتاب بجز بحث خمس.
12* کتاب پیامبر امی.
13* کتاب خاتم نبوت.
14* مجموعه کتاب های تفسیری مرحوم مطهری (آشنایی با قرآن)
15*کتاب نبوت (در دست چاپ)

مرحله 3: توحید
1* نوار خدا در زندگی انسان.
2* کتاب آشنایی با قرآن، جاد چهارم، تفسیر آیه نور.
3* کتاب گفتار های معنوی، بحث ایمان به غیب.
4* کتاب بیست گفتار، گفتارهای 6، 15، 16، 17، 19، 20
5* کتاب تکامل اجتماعی انسان، بحث مکتب و جهان بینی تا آخر.
6* کتاب امدادهای غیبی از صفحه 50 تا 94.
7* کتاب جهان بینی، جلد یک، از صفحه 77 تا 94 و از صفحه 106 تا 128.
8* کتاب شش مقاله، بحث جهان بینی الهی و جهان بینی مادی.
9* کتاب سیری در نهج البلاغه از بخش دوم الهیات و ماوراء الطبیعه.
10* کتاب گفتارهای معنوی، بحث عبادت و دعا.
11* کتاب کلام و عرفان، از سلسله کتاب های علوم اسلامی.
12* کتاب علل گرایش به مادیگری، از اول تا صفحه 212.
13* کتاب مسئله شناخت.
14* کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم، جلد پنجم.
15* کتاب انسان و سرنوشت.
16*کتاب مقالات فلسفی، جلد دوم، از صفحه 19 تا 54 و از صفحه 231 تا آخر.
17* کتاب توحید (در دست چاپ)

مرحله 4: مشخصات و آشنایی با فروغ اسلام
1* کتاب وحی و نبوت، بحث مشخصات اسلام.
2* کتاب آشنایی با علوم اسلامی، جلد سوم، بحث علم فقه تا آخر.
3* کتاب فلسفه اخلاق، بحث نظریه ی پرستش جلسه پنجم.
4* کتاب خاتم نبوت.
5* کتاب م و تربیت در اسلام گفتار نهم، بحث نماز.
6* کتاب آشنایی با قرآن، جلد اول تفسیر سوره حمد.
7* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب، جلد دوم بحث ترک نماز عمدا.
8* کتاب آشنایی با قرآن، گفتار 5 و 6، بحث خمس و زکات جلد سوم.
9* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب، جلد دوم، بحث 37 خمس و زکات.
10* کتاب جهاد آیت الله مطهری.
11* آشنایی با قرآن، جلد سوم، گفتار 7 و 8.
12* کتاب گفتارهای معنوی، بحث هجرت و جهاد.
13* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب، جلد دوم، بحث فرار از جهاد.
14* کتاب مجموعه مقالات مقاله شهید.
15* کتاب قیام و انقلاب مهدی، بحث شهید.
16* کتاب حماسه حسینی، جلد دوم از جلسه سوم تا هفتم.
17* کتاب ده گفتار، بحث امر به معروف و نهی از منکر.
18* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب، جلد دوم گناه 39 امر به معروف و نهی از منکر.
19* کتاب ولاءها و ولایت ها.
20* کتاب جاذبه و دافعه علی (علیه السلام) از اول بحث نیروی جاذبه علی (علیه السلام) تا آخر بحث نیروی دافعه علی.
21* کتاب گناهان کبیره جلد دوم بحث استخفاف حج.

مرحله 5: امامت
1* کتاب امامت و رهبری از صفحه 1 تا 200
2* کتاب جاذبه و دافعه علی (علیه السلام)
3* کتاب ولاء ها و ولایت ها.
4* کتاب سیره ائمه اطهار (علیه السلام)
5* کتاب حماسه حسینی جلد اول از صفحه 108 تا 180 و صفحه 289 تا 313
6* کتاب حماسه حسینی جلد دوم جلسه اول و دوم از صفحه 208 تا آخر.
7* کتاب سیری در نهج البلاغه مقدمه کتاب بخش اول از صفحه 139 تا 186
8* کتاب آشنایی با علوم اسلامی جلد دوم درس هشتم بحث شیعه.
9* کتاب عدل الهی از صفحه 360 تا آخر کتاب بحث گناهان شیعه.
10*کتاب ده گفتار- گفتار هشتم تا هدایت یعنی چه؟
11* کتاب بیست گفتار- گفتار 7 و 8
12*کتاب خاتمیت
13* کتاب قیام و انقلاب مهدی (عجل الله تعالی فرجه)
14* کتاب امدادهای غیبی بحث مدیریت و رهبری در اسلام
15* کتاب بیت الاحزان شیخ عباس قمی ترجمه آقای اشتهاردی.

مرحله 6: معاد
1* کتاب زندگی جادوید یا حیات اخروی
2* کتاب عدل الهی، بحث شفاعت و بحث جزای عمل.
3* نوار تفسیر سوره قیامت
4* نوار تفسیر سوره زلزال و قارعه
5* کتاب عدل الهی، زا صفحه 205 تا 255 راجع به مرگ.
6* کتاب حیات پس از مرگ علامه طباطبائی.
7* کتاب معاد (در دست چاپ)

مرحله 7: عفاف و حجاب
1* کتاب آشنایی با قرآن، جلد سوم، تفسیر سوره ی نور، از صفحه 1 تا 95.
2* کتاب تعلیم و تربیت در اسلام از صفحه 253 تا 254.
3* کتاب اخلاق جنسی.
4* کتاب حجاب.
5* کتاب امدادهای غیبی آخرین مقاله پیرامون محلل.
6* کتاب نظام حقوق زن در اسلام.
7* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب جلد اول گناه 10- 11- 12.
8* کتاب گناهان کبیره شهید جلد دوم باب دوم کبائر غیر منصوصه.
9* کتاب پیرامون جمهوری اسلامی نقش زن در جمهوری اسلامی.

مرحله 8: تعلیم و تربیت
1* کتاب انسان در قرآن از اول تا صفحه 48.
2* کتاب تعلیم و تربیت گفتار سوم و چهارم از بخش اول و تمامی بخش دوم.
3* کتاب فطرت.
4* کتاب انسان کامل از گفتار دوم تا آخر کتاب.
5* کتاب گفتارهای معنوی گفتارهای هفتم و نهم.
6* کتاب اخلاق جنسی از صفحه 51 تا 61 (آیا اخلاق اسلامی با رشد...).
7* کتاب تکامل اجتماعی انسان.
8* کتاب احیای تفکر اسلامی.
9* کتاب عدل الهی از صفحه 172 تا 196.
10* کتاب مجموعه مقالات مقاله ششم بحث سعادت.
11* کتاب انسان در قرآن بحث آخر آگاهی های انسان.
12* کتاب بیست گفتار نهم. (شدائد و گرفتاری ها)
13* گفتارهای خوانده نشده از کتاب تعلیم و تربیت
14* کتاب فلسفه اخلاق.
15* کتاب مقالات فلسفی جلد دوم (بحث سعادت)
16* کتاب آشنایی با علوم اسلامی جلد 4 حکمت عملی.
17* کتاب انسان و سرنوشت.
18* عرفان حافظ
19* مباحث اخلاقی از کتاب سیری در نهج البلاغه

مرحله 10: سیاست و تبلیغات
الف) سیاست
1* کتاب تاریخ نهضت های صد ساله.
2* کتاب پیرامون جمهوری اسلامی، بحث اهداف روحانیت در مبارزات، مصاحبه استاد، نقش بانوان در جمهوری اسلامی.
3* کتاب شش مقاله (الغدیر و وحدت اسلامی)
4* کتاب سیری در سیره ائمه اطهار، مشکلات علی (علیه السلام)
5* کتب جاذبه و دافعه علی (علیه السلام)، بحث خوارج.
6* کتاب سیری در نهج البلاغه بخش چهارم و پنجم حکومت و عدالت.
7* کتاب اسلام و مقتضیات زمان جلسه دهم مشروطیت.
8* کتاب گناهان کبیره شهید دستغیب جلد دوم بحث 29 کمک به ستمگران بحث فتنه و یاری نکردن.
9* کتاب انسان و سرنوشت مقدمه کتاب.
10* کتاب پیرامون انقلاب اسلامی.
11* کتاب امامت و رهبری آخر کتاب یادداشت ها.
12* کتاب امدادهای غیبی مقاله رشد و نوار اتحاد اسلامی.
13* کتاب شش مقاله.
ب) تبلیغات
الف) عنصر تبلیغ در نهضت حسینی جلد اول حماسه حسینی.
ب) سیره نبوی بحث روش تبلیغی پیامبر.
ج) کتاب جامعه و تاریخ بحث استراتژی دعوت
د) تفسیر سوره نوح (نوار)
ه) از کتاب علل گرایش به مادیگری بحث اظهار نظر غیر تخصصی خداپرستی و زندگی.
و) تفسیر المیزان، جلد چهارم عربی صفحه 155 (کیف ظهرت الدعوه الاسلامیه) یا جلد هشتم فارسی.
مرحله 10: عدل و عدالت
1* کتاب بیست گفتار- گفتارهای 1، 2، 3،5.
2* کتاب سیری در نهج البلاغه صفحه 99 تا 135.
3* کتاب جهان بینی جلد 2 صفحه 121 تا آخر کتاب.
4* کتاب عدل الهی.

مرحله 11: دنیا
1* کتاب بیست گفتار- گفتار سوم و پانزدهم
2* کتاب سیری در نهج البلاغه صفحه 210 تا آخر کتاب
3* کتاب احیای تفکر اسلامی

مرحله 12: اقتصادی
1* کتاب مساله رباء.
2* نظری بر نظام اقتصادی اسلام.
3* کتاب آشنایی با علوم اسلامی جلد سوم جلسه پنجم بحث خمس و جلسه ششم بحث انفال.

مرحله 13: تاریخ و فلسفه تاریخ
1* کتاب جامعه و تاریخ
2* قیام و انقلاب مهدی (علیه السلام)
3* کتاب فلسفه تاریخ
4* کتاب شش مقاله (کتاب سوزی ایران و مصر)
5* خدمات متقابل اسلام و ایران.

مرحله 14: فلسفه و منطق
1* کتاب علوم اسلامی جلد اول فلسفه و منطق
2* کتاب اصول فلسفه و روش ردالیسم تمام مجلدات بجز جلد پنجم.
3* آموزش فلسفه از آیت الله مصباح یزدی (2 جلد)
4* مقالات فلسفی. جلد 1- 2- 3.
5* کتاب شرح منظومه.
6* مجموعه مقالات.
7* حرکت و زمان